|
|
Studium interakcí hlavního strukturního proteinu polyomavirů se strukturami hostitelských buněk
Mrkáček, Michal ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Hlavní strukturní protein VP1 je produktem pozdních polyomavirových genů a jedná se o největší a zároveň také nejvíce zastoupený protein celé polyomavirové kapsidy. Vzhledem k nízké kódující kapacitě polyomavirových genomů se uvažuje, že kromě strukturní role by protein VP1 mohl mít v pozdní fázi infekčního cyklu i řadu dalších funkcí. Právě na jejich studium je tato diplomová práce zaměřena. V případě proteinu VP1 myšího polyomaviru bylo pozorováno, že je schopen vázat se na strukturu buněčných mikrotubulů. Prvním cílem této práce bylo otestovat, jestli jsou pentamery proteinu VP1 schopny této vazby i bez účasti dalších buněčných (či virových) proteinů. Na základě in vitro experimentu můžeme říci, že se protein VP1 ke struktuře mikrotubulů váže velmi neefektivně. Druhým cílem této práce bylo připravit detekční systém, který by umožnil identifikovat potenciální interakční partnery proteinu VP1 polyomaviru BK. Proto byly připraveny expresní plazmidy produkující N a C koncově značený proteinVP1, jenžměl tu vlastnost,být v transfekovanýchbuňkáchbiotinylován. Pomocínásledné afinitní chromatografie byly izolovány celé proteinové komplexy, jež tento modifikovaný protein obsahovaly. Hmotností spektrometrií byly identifikovány jednotlivé izolované proteiny a po následné analýze a filtraci dat byl sestaven seznam...
|
|
|
Bioinformatic methods of detection of protein coevolution
Pařízková, Hana ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Slovem koevoluce popisujeme stav, kdy dva či více druhů nebo biomolekul vzá- jemně ovlivňují svou evoluci. Na proteinové úrovni je koevoluce považována za jeden z hlavních mechanismů zajišťujících správné sbalení, interakce a funkci pro- teinů. Pozorována může být jak na úrovni interagujících proteinových rodin, tak na úrovni jednotlivých aminokyselinových residuí. Studium koevoluce může být užitečným nástrojem při predikci struktury proteinů, jejich funkce, interakčních partnerů, apod. V této práci jsou popsány algoritmy, které jsou používány k detekci koevoluce proteinů, stejně jako jejich možné aplikace a omezení. Klíčová slova: koevoluce, proteinová rodina, predikce struktury proteinů, in- terakční partneři, korelované mutace, mirrortree, vzájemná informace, analýza přímého párování
|
|
|
ERK1/2 MAP kináza - její strukturní charakteristika a interakční partneři
Přibyl, Miroslav ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Žíla, Vojtěch (oponent)
Mimobuněčné signální molekuly jsou rozpoznávány membránovými receptory na povrchu eukaryotických buněk. Receptory přenáší signál do vnitrobuněčného prostoru, kde dochází k aktivaci příslušných enzymů. Aktivovanými enzymy mohou být proteinkinázy, které fosforylují substrátové proteiny odpovídající potřebám pro specifické rozpoznání proteinkinázou. Substrátovými proteiny mohou být strukturní proteiny a enzymy, které dále přenáší signál nebo přímo ovlivňují fyziologické procesy buňky. Mezi proteinkinázy patří i ERK1 a ERK2 (Kináza regulovaná mimobuněčným signálem 1 a 2), enzymy které mají vliv na buněčný růst, buněčný cyklus a další řadu fyziologických procesů buňky. Proteinkináza je dynamická molekula, která během katalytického cyklu podstupuje řadu konformačních změn. Konformační změny mají vliv na stabilitu a funkci molekuly. Konzervované aminokyselinové zbytky naplňují funkci proteinkináz. Tyto faktory se zároveň podílí na interakci s proteinovými substráty a regulačními proteiny a jsou tak zodpovědné za specifickou funkci proteinkinázy.
|
host ::
RSS.